Он прошел Великую Отечественную войну в составе 4-й воздушной армии в Крыму, вернулся домой и посвятил жизнь науке, ракетам и космосу.
В 60-х годах XX века Агаджанов был научным руководителем Центра дальней космической связи, возглавлял Главную оперативную группу управления полетом пилотируемых космических кораблей. В 1971 году его назначили главным конструктором крупного научно-исследовательского института автоматизированных аппаратов. А в 1988 году — генеральным конструктором Института автоматизации проектирования АН СССР.
Ученый был одним из главных участников многих космических программ: в частности, он был специалистом по системам радиоуправления летательными аппаратами, созданию первых межконтинентальных баллистических ракет и ракет-носителей. Агаджанов внес неоценимый вклад в создание космического командно-измерительного комплекса (КИК), который применяли при запуске первого отечественного искусственного спутника земли, полете Юрия Гагарина, для программ «Луна», «Венера» и «Марс».
