Петербургские ученые смогли повысить точность работы программ для секвенирования ДНК, РНК и других биополимеров. Одно из применений такой разработки – создание более эффективных лекарств.
Существует два принципиально разных подхода для определения первичной структуры пептидов: database search и de novo. В настоящее время чаще используется первый метод, при котором структура исследуемого вещества сравнивается со спектрами уже известных белков из базы данных. Подход de novo быстрее, но менее точен: он применяется в том случае, если требуется расшифровка биополимеров с неизвестной ранее структурой.
Разработка новых алгоритмов для повышения надежности результатов метода de novo позволит ученым применять его чаще и эффективнее. Так, благодаря внедрению метода валидации в программу проверки результата, происходит анализ не только аминокислотного состава, но и массы различных фрагментов вещества. Такой способ позволяет исключить ошибочные варианты de novo структуры исследуемых пептидов.
Методы сверки результатов de novo секвенирования найдут применение, например, при анализе антител, которые вырабатываются в живых организмах. По итогам такого анализа фармацевтические компании разрабатывают современные лекарственные средства.
Авторы разработки – ученые Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета «ЛЭТИ», Алферовского университета и Санкт-Петербургского госуниверситета. Исследование проведено при поддержке Минобрнауки России.
